Die Rhön befindet sich im Bereich der deutschen Mittelgebirgsschwelle und zeichnet sich durch ihr prägendes Landschaftsbild, die Hochplateauflächen und Basaltkegel, aus. Die naturräumliche Gliederung von Meynen et al. (1959) unterteilt die Rhön in drei Haupteinheiten:
Die Hohe Rhön ist das Kerngebiet des Biosphärenreservates mit einer Länge von ca. 35 km (Nord-Süd-Ausdehnung). Die zugehörige Lange Rhön ist ein geschlossenes Basalthochplateau (700 – 930 m ü. NN), das durch Steilhänge im Westen ins Ulstertal und im Südosten zur Südrhön, einer flachwelligen Buntsandsteinlandschaft, abfällt.
Die Vorder- und Kuppenrhön umschließt die Hohe Rhön im Osten, Norden und Westen und ist durch fortschreitende Erosion in markante Kegel und Kuppen sowie weite Täler gegliedert (Grebe et al. 1995).