In der Rhön gibt es zahlreiche Fließgewässer. Durch die verschiedenen Entwässerungsrichtungen stellt die Hohe Rhön, die den häufigsten Quellursprung aufweist, eine wichtige Wasserscheide dar.
Nach Norden entwässern Ulster, Fulda, Haune, Felda und Herpf in das System der Werra und Weser. Nach Süden fließen Streu, Brend und Sinn in das Rhein-Main-System.
Thüringer Ulster bei Pferdsdorf im Winter
Die Oberläufe der aufgezählten Fließgewässer der Fließgewässertypen 5, 5.1, 6, 7 und 9.1 sind überwiegend naturnah. Auch im Mittellauf sind die meisten Bäche natürlich ausgebildet und nur in kurzen Abschnitten verbaut.
Fast sämtliche Bäche besitzen eine Galerie an Gehölzen, jedoch reicht die landwirtschaftliche Nutzung und der dadurch bedingte Eintrag von Dünger und Pestiziden bis an den Uferbereich. Ein weiteres Problem offenbart sich durch die Einleitung ungeklärter Abwässer, welche die Wasserqualität vor allem in Thüringen massiv verschlechtern (Grebe et al. 1995).
Mit einer Länge von 55,5km ist die Ulster das längste Fließgewässer im Biosphärenreservat Rhön. Sie entspringt südlich von Ehrenberg-Wüstensachsen und mündet bei Phillippsthal in die Werra.