Der Nachweis von Fischottern ist schwierig, da man ihn sehr selten zu Gesicht bekommt und er nicht, wie die Wildkatze, durch Duftstoffe angelockt werden kann. Er ist auch nicht an seinen Bauten oder Fraßspuren (wie der Biber) zu erkennen. Von der IUCN wurden als verlässliche Nachweisart nur der Nachweis über Trittsiegel und Kot zugelassen.
Kot- und Analdrüsensekret
Der Kot und das Analdrüsensekret des Otters weisen einen fischigen Geruch auf, auch wenn dieser keinen Fisch gefressen haben sollte. Die Kunst besteht nun darin, den fischigen Geruch, welcher vom gefressenen Fisch abstammt vom „ottereigenen Fischgeruch“ differiert zu bekommen. Dies macht es möglich, den Otterkot aus anderen Fischfresser-Hinterlassenschaften heraus identifizieren zu können. Eine Hilfe dabei ist, dass der Otterkot keinen typischen „Kotgestank“ aufweist. Eine sichere Bestimmung schaffen meist nur Experten.
Der Kot wird vom Otter zur Markierung des Reviers meist an markanten Stellen abgesetzt. Bevorzugt werden dabei oft erhöhte Stellen am Ufer wie ein Stein, Moos- oder Pflanzenbüschel oder angeschwemmtes Holz. Der Otter kann sich aber auch selbst kleine Haufen aus Erde zusammen kratzten. Uferstreifen unter Brücken werden sehr gerne als Markierungsstellen genutzt.
Trittsiegel
Das Trittsiegel des Otters bietet ebenfalls eine sichere Nachweisart, wenn gleich sehr darauf geachtet werden muss, dass bei nicht optimalen Abdrücken keine Verwechslung mit anderen Arten (wie z.B. Waschbär: bei ungünstigem Untergrund drücken sich die langen Finger nicht ab und die Kuppenanordnung ist dann der des Otter zu verwechseln ähnlich!) passieren. Deshalb sind hier wieder Experten gefragt.
Das Trittsiegel bildet im optimalen Fall alle 5 Zehen des Otters ab, wobei diese sich nicht aufeinander spiegeln lassen (die äußeren Zehen lassen sich beim Einzeichnen einer Symmetrieachsen nicht zur Deckung bringen). Bei idealem Abdruck sieht man sogar die Schwimmhäute zwischen den Zehen.